Seperti umumnya organisasi, JQH al-Mizan memiliki lambang tertentu sebagai salah satu perwujudan karakter organisasi. Tentu setiap tulisan atau simbol di dalamnya terkandung makna filosofinya. Berdasarkan AD MUSYTAG XVII BAB XII pasal 29, 30 dan 31 tentang lambang, warna lambang dan makna lambang JQH al-Mizan dengan ketentuan sebagai berikut:

Lambang

1. Bentuk lambang UKM JQH al-Mizan UIN Sunan Kalijaga adalah garis lengkung yang membentuk lima sudut
2. Isi lambang UKM JQH al-Mizan UIN Sunan Kalijaga terdiri dari:

1. Al-Qur’an dengan keadaan terbuka di atas rehal,
2. Pita bawah dengan tulisan hadits berbahasa Arab yang berbunyi “khairukum man ta’allama al-Qur’ana wa ‘allamahu”,
3. Tulisan JAM’IYYAH AL-QURRA WA AL-HUFFAZH AL-MIZAN UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA” yang terbentuk melingkar, dan
4. Bumi bergaris.

Warna Lambang

1. Garis lengkung membentuk lima sudut berwarna kuning.
2. Background berwarna biru langit
3. Al-Qur’an terbuka berwarna putih
4. Pita warna kuning
5. Hadits berbahasa Arab yang berbunyi “khairukum man ta’allama al-Qur’ana wa ‘allamahu” berwarna hitam
6. Bumi berwarna hijau bergaris hitam
7. Tulisan JAM’IYYAH AL-QURRA WA AL-HUFFAZH AL-MIZAN UIN SUNAN KALIJAGA YOGYAKARTA” berwarna putih.

Makna Lambang

1. Garis lengkung bermakna berkembang.
2. Background bermakna alam semesta.
3. Al-Qur’an di atas bumi bermkana membumikan al-Qur’an.
4. Pita dan tulisan hadits berbahasa Arab bermakna asas dan semangat dalam membumikan al-Qur’an.
5. Bumi bergaris bermakna dunia yang aktif dengan alasan manusia sebagai khalifah melebihi makhluk Allah lainnya.
6. Bentuk segilima melambangkan rukun islam.