Pada awal berdiri, selain divisi tilawah, UKM JQH al-Mizan juga membentuk divisi Tahfizh. Divisi ini sudah menunjukkan potensi yang begitu luar biasa, dan berperan sebagai wadah bagi mahasiswa yang mempunya hafalan al-Qur’an dengan jumlah hafalan sedikit maupun banyak untuk mempertahankan dan mengembangkan hafalannya. Dalam pengembangan kajian keislaman, al-Qur’an merupakan salah satu komponen yang harus diperdalam. Salah satu bentuk memperdalam ilmu al-Qur’an dalam tradisi Islam adalah menghafal al-Qur’an. Tidak heran kalau sebagian besar alumni pesantren yang melanjutkan studi agamanya di kampus IAIN (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta telah terlebih dahulu menghafalkan al-Qur’an walaupun dengan jumlah yang bervariasi. Maka, wadah untuk difasilitasi oleh kampus, yang diamanatkan kepada JQH al-Mizan.

Tidak hanya sebagai penghimpun hafizh dan hafizhah saja, divisi tahfizh sendiri sering mendelegasikan anggotanya untuk mengikuti perlombaan sekala daerah ataupun nasional Begitu juga di beberapa acara yang diadakan oleh lembaga-lembaga ataupun majlis yang berada di sekitar Yogyakarta sendiri sering ikut serta dalam mengisi acara Khataman, Muqoddaman, dsb. Bahkan dari divisi tahfizh sendiri menggagas sebuah perlombaan Hifzhil Qur’an yang telah diperlombakan pada FSQ Ke 3 UKM JQH al Mizan dalam sekala nasional, yaitu Lomba MHQ Bettle.